Eesti järvede ja teiste seisuveekogude nimede korraldamises on kohanimenõukogu heaks kiitnud alljärgnevad põhimõtted (16.06.2005). Esialgu on KNN loodud töörühm neid põhimõtteid järgides läbi vaadanud ja parandanud "Avalikult kasutatavate veekogude nimekirja" (VV määrus nr 191, 27.12.2003) kuuluvate järvede ja paisjärvede nimed. Tööd on kavas jätkata ka ülejäänud järvede ja nime omavate seisuveekogude nimedega.
Järvenimede korraldamise põhimõtteid on kirjeldatud Eesti kohanimede põhiliste struktuuriüksuste (liigisõna, nimetuum ja hargtäiend, kohanimeseaduse § 3) kaupa.
1. Liigisõnad
Veekogude nimedes on eelistatud võimalikult rahvalikku liigisõna. Isegi, kui rahvalik liigisõna läheb vastuollu geograafilise nomenklatuuriga, ei ole hakatud tegelikult kasutatavat kohanime täiendama ega ümber tegema (rannajärv Maksameri, paisjärv Rahumeri, rannajärv Katri luht, tehisjärv Saunakarjäär).
Kui pole teada mingit erilist rahvalikku liigisõna objekti nimes, siis eelistatud liigisõna on lihtsalt järv. Erinevalt senisest avalikult kasutatavate veekogude loendist pole üritatud kõiki paisjärvi varustada liigisõnaga paisjärv. Veekogu tüüp sisaldub tema muude andmete hulgas ja kohanime ülesanne pole seda otseselt väljendada. On teada, et suurema osa Eesti paisjärvede nimetamisel kasutavad kohalikud elanikud lihtsalt liigisõna järv (nt Räpina järv). Tavaliselt on teise liigisõna valimine õigustatud vaid juhul, kui on tarvis eristada looduslikke ja tehislikke veekogusid ühes asulas (nt Mäejärv ehk Väimela Mäejärv ja Väimela paisjärv).
Juhul kui suhteliselt väike veekogu on paisutatud suhteliselt suurele vooluveekogule, on tüüpiline, et rahvalikus nimetraditsioonis puudub eraldi nimi paisutagusele veekogule. Nii on see harilikult vanade veskikohtade juures. Selliste veekogude juures on töörühm eelistanud liigisõnu veskijärv või paisjärv. Liigisõna paisjärv on eelistatud ka siis, kui on teada, et kohalikud elanikud nimetavad veekogu lihtsalt Paisjärv või slängipäraselt Paisukas ja asulanime ametlikuks nimetuumaks kehtestav nimi ei toetu niikuinii ehedale rahvalikule kasutusele.
Liigisõna veehoidla on üldjuhul säilitatud ainult nende veekogude juures, mis on rajatud tarbevee kogumiseks mingi veehaarde osana. Kunagiste vihmutusvee hoidlate juures on eelistatud liigisõna järv, paisjärv vm rahvapärasemat liigisõna.
2. Nimetuum
Uues nimistus on kooskõlas Eesti kohanimekorralduse väljakujunenud murdesõbralikkusega kirjutatud järvenimesid kohaliku murde hääldusele vastavalt. Kohaliku murde häälduse kindlaksmääramisel on olnud võrdselt oluline roll Eesti Keele Instituudi kohanimekogu andmetel (1920. aastatest tänapäevani) ja Eesti põhikaardi kohanimevälitöödel (1995. aastast tänapäevani). Silmatorkavat eripära võib leida ajaloolise Võrumaa järvenimedest: Üvvärjärv ja Lajassaarõ järv seniste Üvarjärve ja Lajasaare järve asemel, kuid murdepärast nime on kasutatud ka teistel murdealadel - Tartumaal (Leego järv), Mulgimaal (Jäävä järv, Veskejärv), Saaremaal (Süllalaht, Pitkjärv). Nimes kajastamist vajava murdepärasusena ei ole käsitletud lühenemisi kasutusel oleva kirjaliku kuju suhtes, nn nimede kulumist. Küll on peetud oluliseks kantseleietümoloogiate ja vana kirjaviisi mõjude kõrvaldamist järvenimedest (Köönaauk, mitte Künaauk, Janokjärv, mitte Jänukjärv).
Sekundaarsete järvenimede tuumad on tavaliselt saadud asustusnimedest. Ametlikust asulanimest moodustatud järvenimi tuleb kirjutada asulanimega ühte moodi, see nõue tuleneb Kohanimeseadusest § 10 (5). Seetõttu ei ole kohaliku murde pärast kirjapilti näiteks nimedes Kirikumäe järv, Ainja järv jpt.
Nimetuumade liigisõnaga kokku- või lahkukirjutamist on otsustatud reegli põhjal, mille kohaselt liigisõna kirjutatakse sekundaarsest (nt talu või küla nimest saadud) nimetuumast eraldi ja muul juhul nimetuumaga kokku.
Avalikult kasutatavate veekogude loend sisaldab ka veekogusid, millel tegelikult puudub iseseisev nimi, nt suured rabalaukad, üksikud karjääritiigid ja kalatiigid. Nimetute rabalaugaste puhul on loendisse kantud raba nimest ja ja liigisõnast laugas moodustatud nimetus, mis nimetuse tinglikkuse paremaks demonstreerimiseks on pandud sulgudesse: (Võlla raba laugas). Nimetute tiikide puhul on tiikide kogumil tavaliselt nimi olemas. Siin on loendi nime väljale kirjutatud tiikide kogumi nimi sulgudes: (Muti tiigid). Seda tuleb mõista: üks Muti tiikidest.
Mõnede veekogude juures on peetud otstarbekaks kehtestada kaks ametlikku nime: põhinimi ja rööpnimi. Ajaloolise rootsikeelse vähemuse aladel leidub järvi, millel on ainult rootsikeelne nimi. Kuid juhul, kui järvel on lisaks rootsikeelsele ka eestikeelne nimi, on see pandud põhinimeks ja rootsikeelne ametlikuks rööpnimeks.
Muidu on ametlike rööpnimede kasutamist püütud piirata ja seda tuleb ette vaid kahel juhul: ümbruskonna nimetraditsioon jaguneb selgelt kaheks - järve erinevatel kallastel tuntakse erinevat nime; järve ajalooliselt väärtuslikum nimi on küll vähem tuntud, kui praegu põhiliselt kasutatav, kuid siiski veel elavas kasutuses olemas (Vihmjärv / Tarupedäjä järv).
3. Hargtäiend
Senine avalikult kasutatavate veekogude loend sisaldab massiliselt järvenimedele lisatud hargtäiendeid, mille funktsiooniks on näidata kohta, kus vähetuntud või korduva nimega järv asub. Järvede algupärastes, kohalikus nimesüsteemis tekkinud nimedes selliseid täiendeid tavaliselt pole.
KNN otsustas, et eelistab ametlike kohanimedena näha järvede algupäraseid, lühemaid nimekujusid. Vaid selline lahendus sobib kokku kohanimekorralduse tervikpildiga, kus näiteks korduvate nimedega külasid ja ojasid ei eristata nime enda täiendamise abil vaid muude vahenditega. Kuid samas tuleb tunnistada, et varasema järvenimede korraldamise tulemusena kinnistunud hargtäiendid on otstarbekad, kui tegemist on nimeloendite koostamisega ja korduva nimega järve mainimisega üle-eestilises kontekstis. Sellepärast on korduvate järvenimede puhul loendis fikseeritud ka teine nimekuju - järve ametlik nimi koos eristava hargtäiendiga.
Hargtäiendiga nime kasutamist tuleb võtta kui järve ametlikule nimele eristava täiendi lisamist, mis on otstarbekas ja soovitav nimede esitamisel loendina. Seevastu kaartidel tuleb eristava hargtäiendi lisamist vältida. Eristava hargtäiendiga nime tuleb püüda säilitada digitaalse kaardi nimeobjekti andmetes, mis kiirendab soovitud objekti leidmist teiste põhimõtteliselt samanimeliste hulgast.
Kohanimeregistris tuleb eristava hargtäiendiga nimi kanda registriandmete väljale "Mitteametlik esikohanimi". Selle kasutamine sõltub koostatava materjali olemusest - konkreetse objekti, nt kaitseala piiri kirjeldustes kasutataks ametlikku järvenime selle lühidal kujul, järvenimede tähestikuliste loendite esitamisel lisatakse ametlikule järvenimele eristava hargtäiendiga nimi, selleks võetakse nimi registri väljalt "Mitteametlik esikohanimi".
Teaduskirjanduses ja muus avalikus kirjasõnas, kus on välja kujunenud tava kasutada eristava hargtäiendiga nimesid, peaks selline kasutustava jätkuma (võrdluseks: nagu me kasutame igapäevaselt nime Järvamaa, mitte Järva maakond). Kohati võiks seda kasutustüüpi isegi süvendada ja soovitada näiteks suplushooaja veetemperatuuri teadannetes kasutada hargtäienditega järvenimesid (nt Ihamaru Palujärv ja Tõrva Vanamõisa järv).